鸦片战争后的包头，虽然远在祖国内陆的北部，但很快就遭受到国家丧失主权所带来的种种冲击和苦难。
沙皇俄国在第一次鸦片战争后，看到实现其蓄谋已久的霸占中国西北、东北和北部蒙古的时机已经到来，遂向清政府提出扩大中俄陆路通商贸易的要求。1851年，沙俄迫使清政府签订了《伊犁塔尔巴哈台通商章程》，获得了在新疆边境地区进行自由贸易的特权。1858年5月28日，沙俄又强迫清政府签订《瑷珲条约》，割占了黑龙江以北60多万平方公里的中国领土。同年6月13日，沙俄诱逼清政府签订《天津条约》，除获得沿海通商、领事裁判、片面最惠国待遇等权益外，还获得了俄国商人由陆路经蒙古地区至北京贸易时，其人数、货物及资本额均不受限制，恰克图至北京的邮政、公文、信函均由驿站传递，所有费用，中俄各出一半等控制蒙古地区驿站交通的特殊权益。至此，沙皇俄国从北方打开了侵略中国的大门，把侵略魔爪伸进了内外蒙古地区。此后，沙俄资本帝国主义继续强迫清政府签订了一系列不平等条约，获取了在内外蒙古地区经商免税、经商自由和政治、治外法权等多项特权。
沙俄的入侵，使包头的旅蒙商遭受到沉重打击。原来，中俄陆路茶叶贸易主要通过归化城（今呼和浩特）、包头等地的中国旅蒙商进行。俄国获取通商特权后，俄商直接到中国南方收购茶叶、开设工厂自行加工，再经陆路通过内外蒙古地区免税或减税运回俄国。而中国的旅蒙商在国内各关卡照旧纳税。此外，俄商、俄货大量涌入内外蒙古地区，严重挤压了旅蒙商和当地商人的经营空间。由于不平等的贸易使旅蒙茶商无利可图，遂纷纷破产倒闭。原有的大批专营驮队，或自行解散，或受雇于俄商。此时，俄国与中国的公文邮件大量增加，原有的驿站因运输繁忙，价格低廉，人畜穷于应付，蒙古驿丁因此贫困破产，广大蒙古族人民深受其害。
这一时期，以英国、美国为首的西方列强，通过设置买办商行，开始大量掠夺包头地区的牲畜、皮毛等资源，驼毛输出贸易已完全被外商控制，英商将驼毛加工成高级毛料，在国际市场上获取巨额利润。包头等内蒙古地区，成为西方列强掠夺原料和倾销工业产品的场所。
鸦片战争后，西方宗教作为帝国主义侵略中国的一个重要组成部分，加紧了对内蒙古地区的宗教和文化侵入。1840年，罗马天主教廷将蒙古划为单独教区。1848年，法国教会传教士到达归化城、萨拉齐，劝诱蒙古上层人士和普通民众放弃佛教而信仰天主教。因收效甚微，这些传教士又转向中国的西部地区。1864年，罗马教廷将蒙古教区划归比利时圣母圣心会管辖。1872年，蒙古教区划分为东、中、西三个分教区，1883年又析为东蒙古、中蒙古、西南蒙古三个独立的教区。西南蒙古教区总堂在1898年迁至萨拉齐厅的二十四顷地村。
天主教是近代西方宗教最早进入包头、且有较大发展的外国宗教势力。1879年，圣母圣心会蒙古教区，派中国籍传教士陆殿英到土默川选址开辟新教区。1880年，“陆在萨拉齐城东南15公里处，从高九威手中购得荒地一段，办理永租地约二十四顷，后以此命村名。”此后，天主教凭借西方列强强迫中国政府签订不平等条约所带来的殖民权力，采取低价购田、薄租佃地、欺骗讹诈、强行霸占等手段，掠夺了大片土地。据《边疆公教社会事业》、《天主教绥远教区传教简史》中的不完全统计，包头地区被掠夺的土地达到8.25万亩（实际数字要比这多得多）。教会依仗强权掠夺来的土地，在包头、萨拉齐、固阳等地建立起大批教会庄园。在庄园内，传教士掌握各种实权，成为“国中之国”。20世纪初，义和团反帝爱国运动失败后，蒙古教区向清政府提出惩办抗教首领、赔偿损失等无理要求。西南蒙古教区所在地的地方官员有的被处死，有的被判“斩监候”，有的被革职。平民中有人被杀害，有人外逃，有人隐匿他乡。各蒙旗被强迫赔款，其中土默特旗赔款1500两白银，萨拉齐等7厅赔款20万两白银，西南蒙古教区藉此获得的赔款竟达59.2万两白银。包头还被勒索土地数百亩，许多人家因失去土地陷于破产和赤贫状态。